这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
长生不死的陈起，每秒都会自动增加寿元，可在弱肉强食的修真界却毫无作用。为了修习仙术进入落仙宗，却意外加入老残院，四个师傅都因为修习禁术而身体残缺，而对于特殊体质的陈起来说，却是如鱼得水......
夏古鲁亚，一个自出生以来就有阴阳眼这种能力的小孩，却因为所处的世界对阴阳眼的错误认知，一家受到了村民们的迫害。比较走运的就被教会用钱买来当圣兵作战，甚至获得民众们称之为“消灾解厄”者，而把人类的性命当作玩具玩弄的阴阳眼，就沦为“尸神”。就在一次作战当中，尸神竟然将自己的灵魂跟夏古鲁亚互换，但也失去了自己的记忆。后来得知真相之后，尸神就以夏古鲁亚身分展开了新的人生。并转世到另一个平行空间˙新宿，与职业杀手美纱树和情报屋缲缲合作，专门处理一些社会上的垃圾。
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
