这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
兔兔们为了能在地球上生存和创业，每天都在流水线上打工，但是总因为偷吃偷懒，然后偶尔还不干不净，所以不断换到不同的地方工作的各种日常故事。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
神明降临、凡人与神明共存的世界，强者为尊，弱者在战火中挣扎。主角原本是普通人一次意外后拥有了能看到万物血条的神秘能力，这使他在战斗中如同游戏玩家般，能精准把握局势，根据血条制定策略，哪怕面对神明也毫不畏惧。随着能力增强主角发现世界规则复杂
