随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
圣迹之地选拔赛结束后，周元和夭夭前往苍玄宗。入宗要先做外山弟子，再参加选山大典，根据成绩选择苍玄七峰，成为正式弟子。 周元和夭夭成为外山的一等弟子，并一一化解敌人的刻意刁难，显露自己的实力。同时，他们与沈万金、顾红衣等人结为好友。 选山大典，周元力压各路天骄，勇夺第一名。但让众人震惊与不解是，周元选择了苍玄七峰里最弱的圣源峰。 这是因为在圣迹之地时，前任宗主苍玄老祖指引周元前往圣源峰寻找苍玄圣印的第二道圣纹。 圣源峰资源匮乏。周元为获取修炼资源，主动请缨参加紫源洞府的资格赛。在获得了洞试资格后，与夭夭一同前往源池历练。
