随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
拥有一头乌黑长发和白皙皮肤的高中女孩黑泽爽子（能登麻美子 配音），大概是过于内向不善交际的缘故，虽然她是如此善良且乐于助人，可是仍然被周围的同学认为过于阴郁，而刻意疏远躲避，甚至称之为“贞子”。即便如此，爽子也不愿争论和辩解，默默承受着这一切。然而独独有一个人主动接近了她，这就是爽子的同班同学——英俊帅气且备受欢迎的风早翔太（浪川大辅 配音）。由于翔太的努力，同学们渐渐接受了爽子，爽子也体会到同龄人应有的快乐。时光流逝，某种难以名状的情感在爽子和翔太的心中滋长，橙色青春，如此难忘……
浩瀚宇宙，人类对维度的认识还很有限，在人类已知的维度之外还存在着其他高级维度世界。在质维里，暗维阵营想要侵占更多的维度空间扩大领地，而光维则守护着其他维度与他们战斗着。在他们最后的战场地球上，光维将自己和暗维一起降维成平面。两个阵营的维灵也留在了地球。只有少数拥有解封维度力量的人类，可以将维灵从平面变回立体。他们被称之为“维将”。
主人公林峰本是天才机器人工程师，为了提升其所研发的超能机器人的机能，他费尽千辛万苦，从深渊之中挖掘出了神秘的上古至宝——祖龙之眸，而正当其欲将祖龙之眸的能量，转化入超能机器人之中时，龙眸内的神力被意外激发，引发时空漩涡，将林峰带到了崇尚武道的古神大陆，转世重生。重生的林峰被封印了前世的记忆，成为了一个只觉醒了治疗系武魂的平庸人士，备受冷眼，甚至惨遭未婚妻的悔婚。其未婚妻的族人为了斩草除根，狠心袭杀林峰。危机时刻，林峰觉醒了关于祖龙之眸的记忆，并惊喜发现龙眸的神力已成功与其所研发的超能机器人所融合。随后，在超能机器人的帮助之下，他逐渐掌控了祖龙之眸的神力，踏上了强者之路。
