随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
未来世界，人类开始向宇宙移民，建造了名为”ネクスト”的殖民卫星，但不久地球和殖民地间的矛盾激化，人类分成ネクスト同盟军、地球政府军和地球革命组织三大阵营相互杀伐，而战争中的主导兵器则是名为”MV（Metal Vehicle）”的人型机动兵器。主人公ジェイストライカー原本是ネクスト同盟军的MV驾驶员，由于厌倦了战争而和其他同样厌倦战争的人一起在殖民卫星ネクスト7落草为寇，专做打家劫道的营生，有一天却卷入了神秘超兵器”S.A.C”的争夺战中。
元藏是天选伏魔师后人，十余年前魔族势力陆王手下的狐娇率兵前来为夺取大胜将伏魔师灭族，父亲临死前将幼年大胜与金箍棒托付给了自己的儿子元藏。逃走后的元藏继承了父亲遗志在人界降妖伏魔守护一方太平。大胜成年后两兄弟便踏上了为父复仇的道路，而在这过程中兄弟两遇到了仙界使者小八与阿沙，在得知神魔大战的故事和自身的宿命后，两兄弟与众人毅然决然结伴而行，踏上了寻找七十二元神碎片复活斗战胜佛的征程。
