随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。
夏古鲁亚，一个自出生以来就有阴阳眼这种能力的小孩，却因为所处的世界对阴阳眼的错误认知，一家受到了村民们的迫害。比较走运的就被教会用钱买来当圣兵作战，甚至获得民众们称之为“消灾解厄”者，而把人类的性命当作玩具玩弄的阴阳眼，就沦为“尸神”。就在一次作战当中，尸神竟然将自己的灵魂跟夏古鲁亚互换，但也失去了自己的记忆。后来得知真相之后，尸神就以夏古鲁亚身分展开了新的人生。并转世到另一个平行空间˙新宿，与职业杀手美纱树和情报屋缲缲合作，专门处理一些社会上的垃圾。
