随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
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传说曾有一个古老而神秘的图腾领域，图腾代表着人类崇高的文明与美好的信仰，图腾兽更是用神奇的力量帮助人类，那时人与图腾兽共生，天下太平。但一场战争的爆发却将美好的生活毁于一旦。而现在，被欲望所掌控的邪恶图腾师卷土重来，古老的图腾秘密穿越三千年再次复活，图腾兽被赋予新时代的信仰，带领机甲战士拯救世界的重任落在了五个小学生身上，而不同的性格和不同的追求，也让五个小图腾师拥有了专属于自己的独一无二的图腾兽。五人小队的图腾兽们不断进化机甲造型，不断掌握各种技能，而队友们的情谊也在不断成长，冒险途中虽然危机四伏却也惊喜连连。各种类型的图腾兽，奇异古怪的图腾之力，以及神奇美丽的图腾景观都在小朋友们的探险之路中一一展现，一个奇妙的图腾领域慢慢揭开神秘的面纱…
