随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
七侠与小狸为了追踪假冒小凤的小小黑，结果误入密林，掉入不老泉，导致虹猫武功尽失、蓝兔失踪，七侠其他人则都变成了婴儿。好在逗逗变成婴儿前留下线索，杭州三台山的三台阁中的神物“净元珠”乃天下最为纯净之物，能使万物复原，如果服下更能增长百年功力。但净元珠乃寺中万年古木所孕，每隔十年只产一滴，于是三台阁每隔十年将开门收徒一名，技压群雄者方能得到净元珠。而100年前的胜利者便出自海外凤凰岛的凤凰武馆。为了恢复兄弟们原来的样子，武功尽失的虹猫与小狸带着变成婴儿的兄弟来到杭州三台山附近的凤凰岛，决心从头修炼武艺，以期成为三台阁接下来的徒弟。但是，来到凤凰岛的虹猫，虽然找到了失忆的蓝兔，但却受到各方面的压力以及侮辱，无法成为武馆的正式弟子甚至在武馆中沦为杂役。
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古争锋本是守护神龙星的神龙，在上古与外星敌人的战斗中身受重伤故陷入了长久的沉睡。时光荏苒，再度苏醒的古争锋发现神龙星早已物是人非，而昔日受人敬仰的神龙也成了人们口中的恶龙，为了调查真相，也为了取回藏在龙王学院的宝藏，古争锋化为人形以导师的身份进入龙王学院，却阴差阳错地成为屠龙系的老师，为此古争锋一面悉心教授学员，一面努力找寻宝藏，几番调查下，古争锋发现龙王宝藏的知情人皆已离世，眼下唯一的线索可能在副院长夜江雪的手中。在接近夜江雪的过程中，古争锋多次出手协助，让夜江雪沉寂已久的内心泛起一丝涟漪，而与此同时，古争锋也被一股神秘力量盯上，躲避了多次暗杀行动后，古争锋感觉旧时的威胁正在逐步逼近，而找寻宝藏恢复力量，锻炼学员组成新的神龙军团抗击敌人迫在眉睫……
