随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
故事地点设立在平行宇宙的现代社会。在这个大环境背景下，所有人的手机上突然出现了一款末日游戏，而在末日游戏出现的十分钟后，游戏入侵现实，末日降临。 《末日游戏》是一款极度氪金的游戏，只要氪金，就能从各方面提升游戏中的角色数值。 一开始，并没有人把这款游戏放在心上，所有人都只来得及创建角色，但只有身为重生者的主角赵铭知道，这款游戏将会在一段时间后入侵现实——也即是游戏中的一切都会逐渐映照在现实中，包括玩家创建游戏角色的各项数值！ 换而言之，只要在游戏入侵现实之前将钱充进游戏，那么在游戏入侵之后，这些钱就会成为赵鸣最大的依仗！ 因此，赵铭开始大氪特氪，最终在游戏入侵现实之前将自己整整一个亿的现金氪进游戏中，并且获得氪金奖励，获得唯一一次职业【炼金术师】。 依靠炼金术师的能力和游戏开始前氪的一个亿，赵铭在这个危险的末日之中直接无敌，最终弥补了前世的遗憾，并且终结了末日。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
