随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
蜀山首席大弟子林长卿惨遭诬陷后被废去修为发配锁妖塔，却意外激活最强悟性系统，从此顿悟各种绝世功法。从练气一层到陆地剑仙，他以一己之力镇压万妖入侵，与狐族圣女胡夭夭和冷艳师姐叶倾城上演了一边斩妖除魔，一边谈恋爱的逆袭传奇。
七侠与小狸为了追踪假冒小凤的小小黑，结果误入密林，掉入不老泉，导致虹猫武功尽失、蓝兔失踪，七侠其他人则都变成了婴儿。好在逗逗变成婴儿前留下线索，杭州三台山的三台阁中的神物“净元珠”乃天下最为纯净之物，能使万物复原，如果服下更能增长百年功力。但净元珠乃寺中万年古木所孕，每隔十年只产一滴，于是三台阁每隔十年将开门收徒一名，技压群雄者方能得到净元珠。而100年前的胜利者便出自海外凤凰岛的凤凰武馆。为了恢复兄弟们原来的样子，武功尽失的虹猫与小狸带着变成婴儿的兄弟来到杭州三台山附近的凤凰岛，决心从头修炼武艺，以期成为三台阁接下来的徒弟。但是，来到凤凰岛的虹猫，虽然找到了失忆的蓝兔，但却受到各方面的压力以及侮辱，无法成为武馆的正式弟子甚至在武馆中沦为杂役。
星幻岛上的欢乐和谐的生活引起了一波邪恶势力的不满和觊觎。在海洋深处有一个神秘的魔幻岛，岛主是没有欢笑没有快乐的呼噜大王，正是由于星幻岛的生活充满了太多快乐，而惹怒呼噜大王，决心打乱班纳他们的生活。于是派出自己的手下：双双、失失、冒冒三人去到星幻岛完成这一艰巨的任务。麻烦还不止这些，海博士的老冤家死对头，功夫岛岛主大虾博士也对星幻岛垂涎已久。看来星幻岛这下可是真的面临棘手的问题了，不过你可别忘了我们还有可爱的班纳在呢，天大的困难在他的戏耍中都会迎刃而解的。班纳这个小家伙可是不好惹的，最后大坏蛋们只能是偷鸡不成反蚀把米，给自己造成了种种困扰和麻烦，还反倒给班纳和他伙伴们的生活增添不少新的乐趣。
