随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
雾隐小学校一年级四年级的学生雾隐小太郎住在宁静的青空镇的忍者宅邸里。他是拥有 400 多年历史的忍者雾隐流派的继承人。今天，当小太郎试图偷偷溜出训练去玩耍时，他与他的父亲藤兵卫发生了争吵。然而，当托比扔出炸弹时，他意外地摧毁了藏有悟空的巨石，悟空是阴谋统治整个宇宙的魔界黑暗之王。复活的悟空亚克试图将人类世界变成大魔界，但守护地球的光之战士艾尔德兰牺牲了自己的生命，重新封印了悟空亚克。然而，悟空却抓住了被封印前的空隙，将黑暗魔导士亚米诺留斯三世送到了人类世界。在放学回家的路上，小太郎和他的朋友风祭贵介和流崎力也偶然遇到了巨型机器人 Ganbaruger。在艾尔多兰的请求下，三人成为了“奇迹忍者钢巴队”，身穿钢巴套装并拥有超自然力量的超级英雄。他们被迫与被 Yaminorius 从大魔界召唤来的恶魔生物 Makaiju 战斗，但他们被 Yaminorius 诅咒，如果他们的真实身份被发现，他们就会变成狗。于是，在被诅咒变成狗的藤兵卫（冈）的帮助下，小太郎和他的朋友们过上了小学生和秘密英雄的双重生活。据说，雾隐村先祖所写的记载着魔界秘密的卷轴被附近的猪猫偷走了，其中还记载着如何打破两大魔王悟空亚克兄弟的封印的信息。在与布塔内科 (Butaneko) 和亚米诺留斯 (Yaminorius) 争夺卷轴的战斗结束后，三大魔王 Gokuark、Letharg 和 Saiark 终于复活了……
讲述中国人自己的校园生活，继1、2季之后又增加了很多有趣的新角色，时长大大增加让情节更生动完整。师生之间，同学之间爆笑又带着温情的一个个故事，带你回到充满快乐简单的初中时代！
