新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
童桦和妈妈住在一幢大房子里，懂事的童桦很早就学会独立生活。一个叫濮今熙的女孩子闯入了他的生活，这使童桦极不习惯，他用尽一切办法与今熙斗智斗勇，想迫使其自行离开。但每一次，今熙总能应付自如，让童桦自讨没趣。随着时间的推移，他们慢慢由对立变成理解，开始包容对方，美好的青春故事由此展开新的一页。
