新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来,人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员,与研究所员齐心协力,面对强大的敌人!究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身!SHINKALION!
所谓的渡劫飞升,只是仙界的阴谋,仙界之下的小世界都只是为了给仙界之人培养奴仆,姚不挽不甘认命,开始找寻改变飞升之人命运的办法