新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
他，国民级游戏天外江湖中的传说，“全球争霸赛第一人”“亿万玩家的精神领袖““第一帮派领导者”......鲜衣怒马少年得意之时，惨遭背叛，走下神坛逃离游戏世界，从此消失匿迹。 多年后，一个自称来报恩的少年出现了......
