新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
该系列动画片讲述了来自拉丁美洲雨林的四只可爱生物——纳奇、索奇、帕科和舒舒——在神奇的XO王国探索冒险的故事。通过音乐、舞蹈、喜剧以及他们的经历，孩子们将发现友谊、善良和大自然的奇妙之处。
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讲述中国人自己的校园生活，继1、2季之后又增加了很多有趣的新角色，时长大大增加让情节更生动完整。师生之间，同学之间爆笑又带着温情的一个个故事，带你回到充满快乐简单的初中时代！
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
作品主角是不太会拿捏与他人之间距离、身材娇小的阿波连同学，以及目标是「交到一百个朋友」、坐在阿波连同学邻座的来堂同学。两人之间的距离以掉在地上的橡皮擦为契机而急速接近，一场青春恋爱喜剧便由此开始。
