新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
