新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
改编自山下文吾的同名漫画作品，以人兽共同存在的西顿学园为故事背景，讲述了在有着各式各样动物的西顿学园里，种族数量最少的人类少年间样人暗恋着同为人类的小瞳，却阴差阳错被北海道狼兰华所纠缠，一场动物恋爱喜剧就这样开始了。
