新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
未来世界，人类开始向宇宙移民，建造了名为”ネクスト”的殖民卫星，但不久地球和殖民地间的矛盾激化，人类分成ネクスト同盟军、地球政府军和地球革命组织三大阵营相互杀伐，而战争中的主导兵器则是名为”MV（Metal Vehicle）”的人型机动兵器。主人公ジェイストライカー原本是ネクスト同盟军的MV驾驶员，由于厌倦了战争而和其他同样厌倦战争的人一起在殖民卫星ネクスト7落草为寇，专做打家劫道的营生，有一天却卷入了神秘超兵器”S.A.C”的争夺战中。
