新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
由于多次抛弃队友逃跑，哀木涕受到了朋友们的鄙视，没有人愿意再和他一起冒险。沮丧的他获得了一件神奇的道具——草裙娃娃，只要摇一摇就能回到过去，从头开始。哀木涕依靠这件宝物回到了认识傻馒之前，幻想彻底改变命运。可他的任性反而引发了一连串的风波，甚至激起了联盟和部落的矛盾，导致了战争发生！眼看曾经的朋友们又一次陷入危机，哀木涕终于意识到了自己的错误。他再一次摇起草裙娃娃，而这一次不是为了逃避，而是为了自我救赎……
