新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
百变校巴带领同学们到户外写生，期间，他们遇到了可爱的动物，神奇的自然现象，特别的建筑等，在探索自然的过程中小朋友激发出强大的想象力和创造力。
