新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
预定为OAD三部作，故事设定在智世成为学院的旁听生之前的时间点，斯普利甘带着诡异的马拜访宅邸，并留下了「今次亡灵猎团的样子很奇怪」的信息。另一方面，对身处的环境、与好友分离、陌生的土地感到厌烦的少年加百列，也与魔法使的世界相遇了。
