新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
退伍军人刘义遭遇空难，流落荒岛，为生计杀野猪、斗野人。然而奇怪事情频繁发生，一名从天而降的黑纱女子，一颗突然出现在手心里的黑色小点，刘义从此被迫开启了神修之路……
