新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
本片主人公小鹿迪尔是九色鹿王的后代，他父母是“木”领地的鹿王，被饕餮族的达大王长期囚禁，并逼迫为其提供鹿王能量，更麻烦的是达大王还派了凶猛的饕餮战士王大明去抓捕迪尔，以消灭和他对抗的潜在威胁。
