新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
已长生十万年的苏逸，曾经见证沧海桑田，也曾在历史中指点毁灭名人，在终结神魔之后归隐山林，沉睡多年后因外星人的入侵苏醒，以学生身份来到都市，凭借十万年的记忆与阅历猪虎、打脸各种反派。
