新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
该剧以一场波澜壮阔、跨越时空的战役，描述了神奇的宇宙轮回。 精彩刺激的打斗场面，拥有崇高信念和无限潜能的超兽战士英雄，演绎了一场拯救宇宙的圣战。
