新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
在充满奇幻能量与多元生命形态的异世界中，青年守护者唐卡凭借独特的感知能力"星辰之眼"维护不同族群间的和谐共处，少女庄小冉突发意外，觉醒了能与神秘能量产生共鸣的特殊体质，踏入这个奇妙的异世界。被唐卡救助后，两人在相处中发现了她的身世之谜，因此揭开两个古老组织"自然守护团"与"生命议会"的理念碰撞。
东方桃子是一名平凡而普通的小女生。一天放学后，她无意中获得一本神奇的花语星卡笔记，通过这本笔记,桃子发现了世间存在一种诞生于自然界的精灵。这些精灵呈兽形或者人形，拥有强大的自然力量，不加以控制会给我们的生活制造出很多麻烦。但是有一种人，能够与精灵沟通，并使用星卡收服精灵，控制和使用它们的力量，我们称之为星卡师。为了解决黑化精灵们造成的麻烦，东方桃子通过努力学会净化精灵的力量，成为了星卡师的一员。并得知自己身负花语公主血脉力量，拥有净化黑化精灵，拯救精灵的重要使命！在收服和了解精灵的过程中，她还收获了两个伙伴
故事讲述3个14岁的“鬼”孩子和她们的“胖次”的故事。
