新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
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阿久津瑛太是一位孤独、内向的机甲宅男。他甚至还暗恋过一个女孩。她是吾妻真希奈，一位极其美丽、开朗且受欢迎的女孩。一天晚上，马基纳出现在瑛太家门口。她的身体似乎有些奇怪，当她突然露出赤裸的身体时……那是一个机械身体，而不是人类身体！ Makina 是一款专为性爱而打造的人工智能机器人，但其访问成人信息受到限制。 Eita 是一名处女，但对女性有洁癖，而且极其善良。他们两个开始一起生活，不允许任何人透露他们的真实身份！
故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。
“第一次”是“无论多少次”——。
