继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
苏宇成功考入大夏文明学府，但研究院的目标竟然与万族图册有惊人的相似！这里面有什么关联吗？
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2022 年：一场未来战争在少数人类幸存者和无穷无尽的机器大军之间激烈进行了数十年。1997 年：被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，并向人类开战。
一觉醒来，夜北发现自己复活了！ 时间已经过去整整三百年。 当年辛辛苦苦培养的弟子们，如今一个个都得道成仙，长大成人。 还有的亭亭玉立，倾国倾城！ 夜北，“三百年……三百年了，该轮到为师调教……不是，教导你们了！”
