继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
三个来自贝弗利山的疯狂男孩、时尚少女以超级间谍的身份平衡了他们的个人生活和学校生活。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
在数万年前，梦魔(ナイトメア)想统治整个宇宙，於是派出一大堆魔兽到处侵略。有一群爱好自由的人组成银河战士团与知对抗，不过梦魔的魔兽太多，战士们一个一个倒下了，生还的只有铁面骑士(メタナイト)一个，他相信新的星星战士一定会出现，所以一直活着在宇宙中流浪。他知道DEDEDE大王有魔兽下载系统知后，就成为DEDEDE的部下，因为有魔兽的地方星星战士出现的机率较大。果然新的星星战士－－卡比乘着宇宙船飞来了，但是他比预定的觉醒时间早了两百年，所以什麼都不知道，连说话也不会，不过有很强的战斗潜能。铁面骑士要梦梦(フーム)好好照顾卡比让他成长，以便将来跟梦魔对决。
