继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
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过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
在古老的剑域大陆上，有着十柄神剑和五大家族，五大家族之一的吕家后代吕阳在逃避追讨的危机时刻觉醒神剑“桃神剑”，为躲避追杀，他韬光养晦，刻苦修炼，为母报仇，探寻真相，在各大家族势力间争斗斡旋，最终称霸天下十剑，问鼎剑域大陆。
故事发生在位于关东郊外的星见市，该市以“最适合观测一年一度的流星雨的城市”为由闻名于世。星见演艺事务所中，偶像长濑麻奈（神田沙也加 配音）因为在演绎对决中连连获胜，而在偶像排行榜维纳斯计划中一路扶摇直上。
