继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
少年兔武士 Yuichi 是伟大战士宫本兔的后裔，他踏上了成为一名真正武士的史诗般的征程。
过去萦绕在风险投资大楼里，真是令人难以置信。一场驱魔仪式能解决一切吗？与此同时，汉克被暴徒们逼迫，要他与黑帮老大的女儿断绝关系。
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
未尚书千金未依依自认天生丽质，但她的秀女像却被皇上以“不好看”为理由打回，气不过的未依依决定进宫，碰巧赶上皇宫的如意馆甄选画师，于是她便女扮男装混入考生中，在入馆考试时因为丑化皇上引起了瑞王的注意，以恶搞皇上为乐趣的瑞王将未依依收为徒弟，从此师徒开始联手搞事。在与皇上接触了几次后，未依依发现他并不是那么不近人情，然而她刚刚对皇上改观，就又被他攻击了颜值，未依依恼羞成怒，发誓用真才实学令皇上刮目相看。
