继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
孤僻内向的刺猬少女苏叶，小时候和完美的男神郑树在学校里不打不相识。从此到高中为止苏叶身边唯一的朋友就是郑树。郑树对谁都微笑礼貌行为成熟，唯独在苏叶面前能展现出无理取闹极其幼稚的模样。 从小到大，苏叶和郑树的关系就像他们的名字一样联系紧密，大树和树叶，好像谁也离不开谁。这份从未被定义的关系，到了真正要定义的时候，反而变得复杂。 不知从何时开始，苏叶对这个朝夕相处的青梅竹马产生了不一样的感觉，两人之间原本熟悉的言语和动作竟令她心跳加速。 明明只是一起长大的朋友，却会因为他恰到好处的动作，羡慕亲吻他掌心的发丝；会因为他忧郁的眼神，嫉妒赖在他脸庞的阳光。然而在苏叶心中，郑树只是把她当成朋友。 喜欢一个人往往容易变得自卑，掩盖了很多事实真相。显而易见的是，郑树早在很久之前就喜欢苏叶了，面对她是那副独一无二的幼稚模样就是最好的证明。所幸这是一段没有错过的感情，故事的过程和结局都是甜的。
齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。
