继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
适龄适性，科学教养，继续守护孩子们的同理心与责任感。从暖心的日常小事，到奇妙的自然探索，再到趣味满满的中华文化之旅，我们陪宝贝一起解锁世界，开阔眼界。超有趣的律动唱跳游戏，让成长充满欢声笑语！
随处可见的普通高中生——柏树朝。有一天5个来自世界各地的女生转来了他的班级：爱生、阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华。尽管跟她们的初次相遇可是说是非常糟糕，但放学后不知为何她们全员向朝表白了。虽然一开始拒绝了她们的表白，但是听到少女们「没有其他地方可以去了」的心声，朝心一软开始了同居。然而从那以后朝的非日常生活开始了。朝每天被采取离奇举动的少女所折腾。以及发生在身边的、难以想象的、不可思议的事情。然而，在这种可以说是异常的日子里朝与这些少女打成一片，心灵相通。在忙并快乐着的日子开始不久的某一个夏日。朝与阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华4人来到海边度假。然而阿米莉亚等人在朝的面前突然消失，留下的只有沙滩上的脚印。朝也因此感到十分混乱。此时在朝面前出现的是并没有参加度假的爱生。记忆混乱之时，朝忘记了阿米莉亚等人的存在，在海边的别墅内与爱生过着二人世界。然而朝对这一切逐渐产生了违和感。爱生察觉到了朝的困惑，为了阻止他胡思乱想，爱生将朝带到了某个地方。在盛开的樱花树下，爱生向朝表达了自己的爱慕之情。然而完全想起阿米莉亚等人的存在的朝，向爱生询问了大家的去向。下一个瞬间，一阵强风吹过，回过神来，爱生的身影已经不见了。取而代之的是一名少女。5名少女就这样消失了吗？出现在朝面前的名叫「爱」的少女到底是谁？她们与朝复杂的过去即将揭晓。
故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。 开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。
