继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
苏临晚穿越成臭名昭著的稀有向导，原主以摧残哨兵精神力为乐。她连夜逃出基地，只想在荒星苟活。可那些曾被伤害的哨兵却一个个找上门，眼神再没了恨意。她用耐心与善意帮他们安抚精神体，没想到这群桀骜不驯的“疯批大佬”全乖了。她叹气：我只想苟活，怎么就成了全星际最野的驯兽师？
