继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
九霄大陆一代灵宗百里云霄，死后重生都市年少之时，改写人生，重登世界之巅，重返学堂，拾起年少轻狂，一手绝世医术，一身至尊功法，一生挚爱相随，勇斗富少，揭露黑医，国难当头冲阵在前，以重生之躯，再闯九天云外，报血海深仇。
小魔仙夏乐彤、颜可可、白尹玥带着她们的穿梭精灵伙伴，布丁、咪噜和鹿比，守护着灵春之庭、幻夏之屿和暖秋之苑。来自凛冬之崖的守护者司齐，在夜落的蒙蔽和蛊惑下，帮助他突破了冰墙封印。恢复自由的夜落为了获取强大的自然能量，抢夺蝶梦星，企图让黑暗笼罩四季。悔恨不已的司齐为了对抗夜落，加入小魔仙，并进入星缘中学学习知识。开阔了眼界的他，逐渐发现自然的奥妙，汇聚了属于自己的蝶梦星。在这个过程中，他和小魔仙彼此包容，共同对抗夜落，建立了新的羁绊。四季循环，生生不息，最终，她们凭借强大的意志，和守护四季的信念，集齐十二颗蝶梦星，用四季的自然能量，打败夜落，化解了黑暗危机。
