继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。
江斩是《怪物杀戮手册》选中、激活“暗影君王”能力的自然觉醒者，以杀戮怪物晋升，人称“枯骨杀星”。他加入749局，与陈紫怡组队处理诡异事件，对抗怪物势力，揭开两界之谜，以极端手段重塑秩序，杀出自己的“朗朗乾坤”。
