继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
虽然出生完全是个谜，但后来被称为“米娜莱”的主人公。 被恩人“大叔”带来的是一家名为“全力工务店”的建设公司。 全力工务店的成员都很有个性，刚开始米娜·莱也想不起来自己，但她却成了现场的学徒，不顾一切地全力工作。 那个姿势不久就得到前辈们的认可，不知不觉中成为了超越职场的重要存在。
只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
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在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁，地球即将走向灭亡。科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中寻找一个人类宜居星球。全自动的人工超智能超级计算机HEXA被射向太空，经过100年终于找到了一个人类宜居的星球。但HEXA由于飞得太远，失去了与地球的联系，因此要利用太空虫洞回到过去。 HEXA利用新星球的资源生产了一批“立方机器人”。让他们通过太空虫洞，穿越时间回到地球的过去，将人类带来新的宜居星球。 维特，是第一个被通过虫洞发回地球的立方机器人，发现自己回到了2030年。数据库显示他已找到“立方计划”的设计者马斯，但马斯还是个8岁的小男孩。由于当时地球的科技还未达到让人类远赴太空的技术，所以维特只能留在这个未来科学家身边，慢慢陪他长大，陪他大冒险。 在马斯的视野里，他只是一个喜欢玩机器人玩具、参加机器人大赛的孩子，在他的身边有很多和他有共同兴趣或不同兴趣的小伙伴。而令他最兴奋的事，莫过于意外碰到了维特机器人。由于维特常态下是个40厘米高的玩偶机器人，所以能藏在马斯的书包里，是形影不离的好伙伴。他们在合作的过程中也逐渐体会到人类和人工智能合作的有趣和效能，于是他们幻想着和小伙伴们出发去改变世界。 有个别“立方机器人”被一个叫“墨克科技集团”的黑势力得到并利用。“墨克集团”是个以高科技研究为掩饰的幕后黑手，他们以一种邪恶的使用理念去开发人工智能，目的是为了满足自己的贪婪与野心。 随着故事的发展，维特发现地球之所以走向灭亡，完全是由于人类对人工智能的发展失误，黑暗势力为了能快速发展和扩张，造成了不可逆转的环境破坏和人工智能危机。于是他们计划修正人类对智能科技的应用方向。 正义的立方机器和人类小朋友并肩作战的过程，建立起深厚的友谊，互相成长，积极地面对不同的挑战，而小科学家们在有意与无意间肩负起善用人工智能和拯救地球的光荣任务，成为了人类的英雄。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
