继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
天地异变，妖兽横生，新纪元人类诞生了一种全新的职业。收服怪物，培养怪物，训练怪物，这就是御使。一个怀揣着梦想的少年懵懵憧憧的被一脚踢入这个黄金盛世。高鹏：就算是一条泥鳅，我也能将他进化成一只翱翔九天的真龙。
跟猪猪侠星航志同道合的新能源引擎专家马力博士，加入超星车队帮助突破雷普森集团的技术封锁。赛车上的对手个个实力强劲，无论半决赛的出师不利还是星航的昔日师兄投身敌营，都予以超星车队不小的打击。猪猪侠星航重拾信心，迎难而上，最终登上比云山颁奖台，也粉碎了雷普森集团
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
