继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…
神界梵虚天遭逢大乱，神界之主北天帝君受万道围攻，战败陨落，无数人追捧的术炼至宝--可以沟通上古之地的轮盘，也因此跌入人间。正逢男主林笑，与人约架被打成重伤陷入昏迷，阴差阳错获得了轮盘，北天帝君预感到乱世将倾，无奈之下选中了林笑，将自己的全部记忆送给林笑，让林笑以旁观者的身份，被迫体会了这位神界帝君跌宕起伏的一生。 林笑身处的东方大陆，武道衰落，术炼师寥寥无几，林笑在梦中跟随北天帝君见闻修炼的一些武道功法和术炼之术基本都已经失传。尤其是林笑所处的东方大陆的夏国，大家陷入权利的争夺，互相算计，互相暗害。四方侯府便是玄京城阴谋算计里首当其冲的那一个，林笑母亲苏怡然在生产之时遭人暗害，难产导致林笑先天根骨不全，在武道上注定没有成就，受尽嘲讽奚落，以致放弃了自己的修炼目标，胡作非为。 纨绔少爷一梦睡醒，手握逆转乾坤之力，自然就要有仇报仇，没仇的多找些麻烦。从梦中世界回到现实世界的林笑，渐渐成为了整个玄京城的噩梦。 林笑在暗流涌动的京城局势中步步为营，对抗隐藏在暗处的各方势力，保护正处于风雨飘摇中的四方侯府和整个大夏王朝。在这个过程中，林笑游离在神界帝君和侯府少爷的身份里，迎接着一场场危机，不断发现着这个世界被人遗忘的真相。幸运的是，本心善良的林笑结识了乱世中真正优秀和值得信赖的伙伴，最终成功找到了自我。林笑最终完成了从玄京首废到领航者的转变，打开了神界通道，带领伙伴们艰难的挽救了这片大陆，这个少年，也终于成长为这个世界的受人尊敬的顶级武道者和术炼师。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
