继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
医生凌凡穿越修仙界，因为修仙资质极差并未采取传统的修仙晋级流程，而是反其道而行之，深入研究回复法术，经过反复的试验，终于精通了回复法术，却发现回复法术精通到了极致之后，已是证悟大道，突然无敌了。整个修仙界，乃至上界的灵界和仙界的原有势力格局都要被凌凡颠覆了。
