继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
一代魔尊帝释天，在即将突破天地桎梏晋入魔仙之际，惨遭亲信背叛，被正道五宗围攻而死。就在全天下都以为世间再无魔尊之时，帝释天却离奇重生，以修道学徒莫凡的身份生活。面对法力全失、肉体孱弱的境况，他选择隐忍，将魔道与人道糅合修炼，专心修习，再塑神通，强势崛起。但在所谓正道五宗的步步紧逼之下，帝释天终将踏上复仇之路，血刃叛徒，横扫五宗，荡尽天下邪祟，再现魔尊当道！
