继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
在古老而神秘的喵星球上，有一种神奇强大的能量，它能释放各种能量精灵，为了防止这种强大的力量被坏人利用，喵能战士肩负守护喵星能量，维护宇宙和平的重任。“精灵宝匣”是召唤和收服能量精灵的神器，然而精灵宝匣被盗，能量精灵四处破坏，地球陷入空前危机，喵能战士即刻出击！
